Nie znam WinSCP i nie używam Photoshop'a, więc Ci nie odpowiem, ale... na pewno za pomocą Total Commander'a możesz zalogować się po FTP, zaznaczyć wszystkie pliki w danym katalogu i zmienić ich uprawnienia w zasadzie "jednym kliknięciem" (choć to tylko naprawa skutków, a nie samego problemu).